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死亡的小火鸡通常因失血而外观苍白，但其生长良好，且嗉囔中含有饲料。小肠通常扩张，极度变色，肠腔内充满血性渗出物。肠黏膜充血，个别火鸡黏膜表面覆盖有黄色、坏死性纤维素膜。病变通常在近侧小肠更明显，但在较严重的病例也常扩散到远端。禽的脾脏特征性肿大、质脆，呈大理石或斑驳样。然而，那些死亡鸡只的脾脏往往可能因失血随后收缩导致变得更小。肺也可能充血，但其他的器官呈苍白色。
特征性的病理学变化大多见于淋巴网状系统和胃肠道系统。死亡时的脾脏病变包括白髓增生、淋巴样坏死和淋巴网状细胞的核内包涵体。早在HEV后的第3天，脾髓面周围可见明显的白髓增生，这导致在后的4～5天，肉眼可见斑驳样且不规则的白髓融合岛。在后3～5天，经HE和免疫酶、过氧化酶染色，在这些区域可见大量的核内包涵体。从形态上看，这些细胞呈淋巴样。同样，脾脏的单核巨噬细胞中也发现有核内包涵体。到后的4～5天，白髓开始出现坏死。到后6～7天，已全部扩散，仅在红髓处偶尔见到一些浆细胞。在后3～9天，除了脾脏的变化外，在胸腺的皮质和髓质部及法氏囊，也可见淋巴样衰竭。
胃肠道典型病变包括肠黏膜严重充血，绒毛上皮细胞变性、脱落及肠绒毛顶端出血。由于固有层的血管是完整的，红细胞通过血细胞渗出而移出血管外，因此，与其说是由内皮细胞破坏不如说是崩解导致出血。除乳头细胞、浆细胞和异嗜细胞外，还在固有层发现了大量含核内包涵体的网状淋巴细胞。这些组织病理学变化在十二指肠后段到胰导管处明显。但腺胃、肌胃、小肠、盲肠、盲肠扁桃体和法氏囊中与此相似，但病变程度稍低。
另外，在肝脏、骨髓、外周血液白细胞、肺脏、胰腺、脑和肾小管上皮细胞中也可观察到含有HEV核内包涵体的细胞。
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